HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS

Name: HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS
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Curso Práctico de Bioinformática o Análisis Computacional de Secuencias Biológicas

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Created byJosé Luis Sánchez

Last updated 2/2025

Spanish

What you'll learn

Buscar información y descargar datos en las principales bases de datos biológicas (NCBI, GENBANK, EBI, ENA, UNIPROT, PDB, ENSEMBL, MAGNIFY ...)
Manejar herramientas computacionales para el estudio de datos genómicos y proteómicos (BLAST, UGENE, EMBOSS, GENSCAN, GALAXY, BLAST2GO, IGV, DOTLET, MEGA, MUSCLE ...)
Utilizar lenguajes de programación para el manejo de secuencias y archivos biológicos (PYTHON, BASH).

Course content

19 sections • 161 lectures • 24h 14m total length

INTRODUCCIÓN4:10
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Conocer los tipos de bases de datos biológicas.
Conocer el funcionamiento básico de algunas bases de datos biológicas, como el ENA o PubMed.
Realizar búsquedas sencillas en dichas bases de datos utilizando distintos tipos de filtros.
Interpretar los resultados obtenidos de dichas búsquedas.
¿QUÉ SON LAS BASES DE DATOS BIOLÓGICAS?2:24
TIPOS DE BASES DE DATOS BIOLÓGICAS1:27
PRINCIPALES BASES DE DATOS BIOLÓGICAS0:46
LAS BASES DE DATOS NCBI Y EBI11:38
PRÁCTICA. BASES DE DATOS BIOLÓGICAS0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA13:31
CUESTIONARIO BASES DE DATOS BIOLÓGICAS

INTRODUCCIÓN3:07
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Conocer el avance en los sistemas de secuenciación como herramienta fundamental en el desarrollo de la bioinformática.
Conocer el funcionamiento básico de los principales sistemas de secuenciación NGS.
Comprender el proceso general de ensamblaje de novo.
Familiarizarse con el manejo de algunos programas utilizados en el ensamblado secuencias.
MÉTODOS DE SECUENCIACIÓN5:47
EL FORMATO FASTQ1:15
ENSAMBLADO DE SECUENCIAS3:00
DESCARGA DE LECTURAS EN LA BASE DE DATOS ENA11:59
DESCARGA DE LECTURAS EN LA BASE DE DATOS SRA9:07
ENSAMBLADO DE LECTURAS CON UGENE (CAP3)23:16
PRÁCTICA ENSAMBLADO CON UGENE (CAP3)0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA ENSAMBLADO CON UGENE6:19
CUESTIONARIO SECUENCIACIÓN Y ENSAMBLADO

INTRODUCCIÓN2:04
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Conocer el concepto de anotación de secuencias biológicas.
Relacionar la presencia de algunas regiones conservadas con la utilización de métodos predictivos.
Aprender a manejar diferentes programas informáticos para la predicción y anotación funcional de secuencias.
Saber interpretar los resultados obtenidos.
DEFINICIÓN Y TIPOS DE ANOTACIÓN4:06
PROMOTORES Y SEÑALES2:26
INTRONES Y EXONES1:05
OPEN READIGN FRAMES (ORFs)0:52
MODELOS OCULTOS DE MARKOV Y ALGORITMO DE VITERBI28:46
PREDICCIÓN DE GENES CON FPROM Y GENSCAN11:00
PRÁCTICA PROMOTORES E ISLAS CpG (EPD, NNPP y CpGplot)0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA PROMOTORES11:40
PRÁCTICA PREDICCIÓN DE GENES CON GENSCAN0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA GENES6:11
PRÁCTICA OPEN READING FRAMES (ORF FINDER)0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA ORF5:03
ANOTACIÓN FUNCIONAL DE SECUENCIAS CON BLAST2GO27:53
PRÁCTICA ANOTACIÓN FUNCIONAL CON PANNZER20:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA PANNZER27:52
CUESTIONARIO PREDICCIÓN DE GENES

INTRODUCCIÓN1:17
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Conocer las características del navegador genómico Ensembl.
Aprender a buscar en Ensembl información sobre los genomas de distintos organismos.
Aprender a utilizar el navegador para moverse a través de los cromosomas.
Aprender a buscar y descargar información sobre los genes de distintas especies.
GENOMAS, CROMOSOMAS Y GENES4:08
ESTUDIO DEL GENOMA CON EMSEMBL26:49
PRÁCTICA ENSEMBL: EL GENOMA0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA EL GENOMA7:05
NAVEGANDO POR LOS CROMOSOMAS CON ENSEMBL13:40
PRÁCTICA ENSEMBL: NAVEGANDO POR LOS CROMOSOMAS0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA NAVEGANDO POR LOS CROMOSOMAS9:47
CUESTONARIO EL NAVEGADOR GENÓMICO

INTRODUCCIÓN1:48
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Aprender a buscar secuencias de nucleótidos con el buscador del NCBI.
Aprender a buscar genes en las bases de datos del NCBI.
Interpretar los resultados obtenidos.
Conocer el manejo de un visor de secuencias.
LA BASE DE DATOS GENBANK2:49
LA BASE DE DATOS REFSEQ0:49
LA BASE DE DATOS GENE1:45
EL FORMATO FASTA0:33
BÚSQUEDA DE SECUENCIAS EN EL NCBI12:59
BÚSQUEDA DE GENES EN EL NCBI Y SEQUENCE VIEWER18:43
PRÁCTICA BÚSQUEDA DE SECUENCIAS EN EL NCBI0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA11:36
CUESTIONARIO BÚSQUEDA DE DATOS EN EL NCBI

INTRODUCCIÓN2:00
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Conocer los diferentes tipos de estructura de las proteínas.
Relacionar la estructura de las proteínas con su función.
Aprender a buscar información en las bases de datos de proteínas.
Utilizar herramientas de predicción de estructuras de proteínas.
CONCEPTOS BÁSICOS SOBRE LAS PROTEÍNAS3:09
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS5:15
BÚSQUEDA DE PROTEÍNAS EN UNIPROT23:44
PRÁCTICA PROTEÍNAS CON UNIPROT0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA PROTEÍNAS CON UNIPROT7:46
DE GENES A PROTEÍNAS CON ENSEMBL12:30
PRÁCTICA PROTEÍNAS CON ENSEMBL0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA PROTEÍNAS CON ENSEMBL6:35
ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS CON PDB (1ª parte)8:03
ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS CON PDB (2ª parte)18:09
PRÁCTICA ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS (PDB, UNIPROT, SWISS MODEL)0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA ESTRUCTURA PROTEÍNAS9:47
CUESTIONARIO PROTEÓMICA

INTRODUCCIÓN3:00
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Comprender la importancia del alineamiento de pares de secuencias para el trabajo en bioinformática.
Diferenciar entre alineamientos globales y alineamientos locales.
Conocer los principales algoritmos de alineamiento de pares de secuencias.
Manejar los principales programas informáticos para el alineamiento de pares de secuencias.
ASPECTOS GENERALES3:26
DOT- PLOT1:19
ALGORITMO DE NEEDLEMAN-WUNSCH1:17
ALGORITMO DE SMITH-WATERMAN1:11
PSA CON DOTLET13:01
PSA CON LALING (EXPASSY)7:58
PRÁCTICA PSA. PROGRAMAS NEEDLE Y WATER (EMBOSS)0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA PSA8:44
CUESTIONARIO ALINEAMIENTOS DE PARES DE SECUENCIAS

INTRODUCCIÓN2:02
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Entender el funcionamiento del algoritmo BLAST.
Comprender las aplicaciones de la herramienta BLAST para resolver problemas biológicos.
Familiarizarse con el manejo de BLAST ajustando sus diferentes parámetros para conseguir mejores resultados.
Conocer el funcionamiento de la herramienta BLAST en algunas de sus variantes.
Realizar BLAST sencillos a partir de secuencias de proteínas en distintos portales bioinformáticos.
Interpretar los resultados obtenidos de dichas búsquedas.
ALGORITMO BLAST2:05
TIPOS DE BLAST4:17
BLAST EN EL NCBI14:38
PRÁCTICA BLAST0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA BLAST14:41
CUESTIONARIO HERRAMIENTA BLAST

INTRODUCCIÓN2:45
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN
Comprender los fundamentos generales del alineamiento múltiple de secuencias.
Conocer los distintos métodos empleados para su implementación.
Conocer las utilidades de los MSA.
Aprender el manejo de distintos programas para la realización de MSA.
CONCEPTOS GENERALES1:28
MÉTODOS DE ALINEAMIENTO MÚLTIPLE3:04
MSA CON UNIPROT Y MUSCLE11:31
PRÁCTICA MSA0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA MSA5:19
CUESTIONARIO MSA

INTRODUCCIÓN2:36
OBJETIVOS DE LA SECCIÓN:
Conocer los principales tipos de árboles filogenéticos, sus partes y la información que generan.
Conocer las principales utilidades que los árboles filogenéticos pueden aportar al trabajo bioinformático.
Aprender el manejo de diferentes herramientas bioinformáticas para la generación y el estudio de los árboles filogenéticos.
ÁRBOLES FILOGENÉTICOS. GENERALIDADES2:05
CONSTRUCCIÓN DE ÁRBOLES FILOGENÉTICOS4:07
ÁRBOLES FILOGENÉTICOS CON ENSEMBL16:34
PRÁCTICA FILOGENIA CON ENSEMBL0:04
CORRECCIÓN PRÁCTICA FILOGENIA CON ENSEMBL9:25
ANÁLISIS FILOGENÉTICO CON MEGA 620:22
PRÁCTICA ANÁLISIS FILOGENÉTICO CON SIMPLE PHYLOGENY (EBI)0:11
CORRECCIÓN PRÁCTICA FILOGENIA CON SIMPLE PHYLOGENY (EBI)7:45
CUESTIONARIO ANÁLISIS FILOGENÉTICO

Requirements

Conocimientos elementales de biología general, genética y matemáticas. Informática a nivel de usuario.

Description

El presente curso hace un recorrido de tipo práctico sobre una amplia variedad de bases de datos y programas bioinformáticos, sin olvidar el componente teórico básico necesario para comprender los aspectos más importantes de la bioinformática. Además ofrece la posibilidad de aprender los conceptos básicos de programación, de forma que sea el propio alumno el que fabrique sus propias herramientas que le ayuden a resolver problemas específicos.

En cuanto a la estructura del curso, cada una de sus secciones incluye un vídeo introductorio y algunas clases de tipo teórico, cuya lectura y comprensión resulta muy recomendable para el aprovechamiento de curso. Esta fase de explicación va acompañada de vídeos en los que el instructor demuestra, de una forma práctica, el manejo de las herramientas propuestas durante el tema. A partir de aquí, el alumno ya será capaz de realizar las prácticas propuestas utilizando dichas herramientas, disponibles en la red y de forma gratuita. La corrección y los posibles comentarios sobre dichas prácticas se realizarán también por parte de instructor a través de vídeos explicativos o documentos en PDF. La evaluación del alumnado se llevará a cabo a través de la realización de una serie de preguntas tipo test. Para terminar, comentar que una de las partes más importantes, y de la cual el alumnado debe sacar una mayor provecho, es aquella que permite la interacción instructor-alumno, pudiendo este último realizar las consultas que desee relacionadas con el temario del curso, y a las cuales el instructor tratará de responder de forma precisa y rápida. Sin más, espero que el curso os parezca interesante. Un saludo.

Who this course is for:

Estudiantes interesados en las Ciencias Biológicas, Genética, Bioquímica o en cualquier rama de las Ciencias de la Salud y que deseen conocer los fundamentos y aplicaciones de la bioinfomática.
Público en general Interesado en iniciarse en al mundo de la bioinformática desde un punto de vista práctico.

HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS

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Course content

INTRODUCCIÓN. BASES DE DATOS BIOLÓGICAS7 lectures • 34min

SECUENCIACIÓN Y ENSAMBLADO9 lectures • 1hr 4min

ANOTACIÓN DE SECUENCIAS16 lectures • 1hr 49min

EN NAVEGADOR GENÓMICO8 lectures • 1hr 3min

BÚSQUEDA DE DATOS EN EL NCBI9 lectures • 51min

PROTEÓMICA13 lectures • 1hr 37min

ALINEAMIENTOS DE PARES DE SECUENCIAS (PSA)9 lectures • 40min

LA HERRAMIENTA BLAST6 lectures • 38min

ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE SECUENCIAS (MSA)6 lectures • 24min

ANÁLISIS FILOGENÉTICO9 lectures • 1hr 3min

Requirements

Description

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